除夕當天，祁鈺與允賢、吳太后及太上皇一家相聚團員，本是闔家歡喜之際，吳太后卻屢屢陰陽怪氣地諷刺上皇、指責允賢，祁鈺因而氣惱不已，又吐了血。除夕之夜，下起了雪，允賢站在宮殿外看雪，上皇走到允賢身邊，憶起那年在允賢家的后院與允賢一起雪中起舞，同賞煙花，共度除夕，并用腳在雪上寫下朝鮮語“扎基亞”（意為“老公”），對允賢道了聲珍重，后回自己宮中與妻兒團圓。

除夕之夜，允賢一直守在祁鈺身邊，入夜已深，祁鈺突然開始止不住地大口吐血，允賢急忙給他扎針止血，并讓人速去請程村霞(張皓然 飾)，可還是晚了一步，祁鈺一命嗚呼。祁鈺在除夕之夜病逝，吳太后認定是允賢醫術不精才害死了自己的兒子，要讓允賢殉葬，允賢則因為太過悲傷，又被吳太后推到在地，不幸小產。孫太后(何晴 飾)及靜慈師太(顧艷 飾)以“允賢性命受到威脅”作為誘餌，設計讓英宗復位，孫太后還主動解開了與英宗多年的誤會，向他說明所謂的“殺母之仇”不過是王振(鄧立民 飾)當初為了取得他的偏信而編造的謊言。

英宗重新登基，下令廢除殉葬制度，實行女醫制度。允賢放不下祁鈺與她還未出世的孩子見濟的死，無法面對英宗的一片深情，也厭倦了宮中戰戰兢兢的生活，離開皇宮遠走天涯，寄情山水，懸壺濟世。其師兄程村霞亦卸官做了游方郎中，與允賢在民間重逢，叮囑允賢寫完她那本《女醫雜言》一定要給他留一本。錢皇后(李呈媛 飾)去世后不久，太子見深即皇位，英宗終于得以卸下心中重擔，到宮外去尋找允賢，希望與她共度余生。在允賢及醫女們的共同努力下，也在英宗的盛德感召下，明朝不僅官方建立了女醫制度，世人亦漸漸地接受了女子行醫，女子患病不用再受限于男女大防，隱疾得治，性命也因此大為增長。